Tartu Ülikooli haridusteaduste instituudis on seitse osakonda:
Lisaks tegutseb haridusteaduste instituudi juures Pedagogicum. Pedagogicum on vormilt Tartu Ülikooli nelja valdkonna konsortsium, mis koordineerib Tartu ülikoolis õpetajakoolitust ja haridusteadust. Pedagogicumi töös osalevad kõik neli ülikooli suurt valdkonda, kuid juhtroll on haridusteaduste instituudil.